报检业务流程大致可分为：报检申请（报检人提供外贸合同、发票、提单、装箱单、信用证等单证；实施安全质量许可、卫生检疫注册的应提交有关证明文件复印件，并在报检单上注名文件号）；报检（将申请的相关信息录入CIQ2000系统，并将相关单证递交检验检疫局检务部门受理）；施检部门施检（施检部门接受单据、确认、检验、结果登记、拟制证稿、审核签字）；签发证书（检务部门对施检部门拟稿审核，并签发证书）。
入境货物的检验检疫工作程序可以分为：申请报检、受理报检、办理通关、实施检验检疫、放行
1）法定检验检疫入境货物的货主或其代理人首先向卸货口岸或到达站的出入境检验检疫机构申请报检。
2）检验检疫机构受理报检，转施检部门签署意见，计收费。
3）对来自疫区的、可能传播传染病、动植物疫情的入境货物交通工具或运输包装实施必要的检疫、消毒、卫生除害处理后，签发《入境货物通关单》（入境废物、活动物等除外）供报检人办理海关的通关手续；
4）货物通关后，入境货物的货主或其代理人需在检验检疫机构规定的时间和地点到指定的检验检疫机构联系对货物实施检验检疫。
5）经检验检疫合格的入境货物签发《入境货物检验检疫证明》放行，经检验检疫不合格的货物签发检验检疫处理通知书，需要索赔的签发检验检疫证书。
出口报检流程：接单、审单、预录、申报、验货、放行、下帐
一、接单
报检操作人员接到客户或内部转来的单据后，在专门的登记薄上登记，有特殊要求的应注明，并询问出口的大致日期，出口运输方式是否需要出具检疫部门的证书等。
二、审单
首先要核对出口报检单据是否齐全。单据有：发票、装箱单、合同、报检委托书(青岛企业必须提供正本报检委托书)；有特殊要求的其他单据：使用信用证结汇的须提供信用证复印件、货物外包装（纸箱、塑编袋、网袋、桶包装的涉及食品安全卫生标示的），必须提供《出境货物运输包装性能检验结果单》正本；出口换证商品必须提供《出境货物换证凭单》正本；出口安全质量许可、食品卫生监督等管理范围之内的商品，必须提供生产厂家的两证管理编号以及厂检合格单等；出口熏蒸货物必须提供场站入货通知书，并且确认货物存放于场站熏蒸区。
三、预录
（1）出口单据审核完毕后，使用九城单证系统对单据进行预录入。预录入过程中，可以根据系统提示制单，并且可以根据系统对商品编码的要求最终确认所需单据是否齐全。（九城单证系统在线更新，所以很多编码要求及时更新）
（2）在制单过程中出现计量单位与海关的计量单位冲突时，第一计量单位按商检规定的计量单位输入，第二计量单位按海关的规定输入。
（3）在制单预录入的过程中如果出现问题应及时与客户或操作人员联系。
（4）一般在预录入后待系统自动生成预录入报检编号后，打印报检出境货物报检单，交给报检员。
四、申报
（1）报检员在接到全套申报单据发票、装箱单、合同、报检委托书(青岛企业必须提供正本报检委托书)、有特殊要求的其他单据后，在报验申请单上填写随附单据并注明，报检员签名。
（2）到报检前台申报，随时解答商检官员对商品的提问，报检员必须对所申报商品及客户情况有所了解。
（3）申报完成，报检员根据申报货物的不同，将申报单据转往各个科室，并且根据各个科室的不同要求对单据进行登记。
五、验货
（1）申报完毕的单据，报检员要及时联系客户验货，到检疫局科室预约验货时间并告知客户。
（2）验货完毕后将单据转回各科室。
六、放行
（1）出口验货后到科室将验货单据找出，根据科室要求不同填写验货单据交科室主管人员签字，并在电脑中过机放行。
（2）到计费处计费，然后到商检财务缴纳检疫费。
（3）打印《出口货物通关单》，如果需要出具检疫部门证书的，还需在单据中注明，以便日后出具检疫证书。
（4）放行后将通关单交给报检操作人员或报关人员签收。
七、下帐
（1）报检员将出口通关单及商检发票交给操作人员，操作人员将其复印登记留底，并注明公司编号。
（2）将正本通关单交给报关员报关使用。
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